„Das Gründungsdatum des am Südrand des Eichsfeldes vom Orden der Benediktiner gegründeten Klosters ist unbekannt. Angenommen wird eine Gründung um 1100 als Doppelkloster (Männer und Frauen). Sämtliche Dokumente und Urkunden des Klosters wurden 1649 durch den Brand des Zellschen Freihofes in Mühlhausen vernichtet. Dorthin war während des Dreißigjährigen Krieges ein Teil der Nonnen mit dem Klosterschatz und den Archivalien geflüchtet. Die ältesten Belege aus dem Jahre 1215 erwähnen aber nur ein Frauenkloster. Das Kloster besaß zahlreichen Güterbesitz und Schenkungen zwischen den Städten Treffurt im Süden, Mühlhausen im Osten und Dingelstädt im Norden. So verkaufte etwa Ritter Heinrich von Treffurt am 15. September 1273 sein Dorf Strut, ein Reichsgut, für 24 Mark Silber an das Benediktinerinnen-Kloster Zella. Im Frühjahr 1525 nutzten die leibeigenen Bauern des Klosters die Verwirrung und Schwäche, um mit dem Kloster alte Rechnungen zu begleichen. Am 26. April 1525 wurde das Kloster erstürmt und Wertsachen sowie Vorräte erbeutet. Tage oder Wochen nach der Niederlage in der Schlacht bei Frankenhausen wurde das Kloster erneut überfallen. Die Aufständischen legten im Gebäudekomplex Brände, wodurch das Kloster unbewohnbar wurde. Später klagte man in langwierigen Prozessen gegen die Bewohner der Klosterdörfer und die Reichsstadt Mühlhausen Schadenersatz ein, da vor allem letztere durch ihre Unterstützung der Bauern die Unruhen erst ermöglicht habe.

Seit der Reformation bestand eine enge Bindung von Kloster Zella an das im Nordeichsfeld gelegene Kloster Gerode. Dieses stellte auch die Zellaer Pröpste.

In den Jahren nach der Reformation setzte sich mit Unterstützung der Jesuiten in den Klosterdörfern, die auf dem Eichsfeld lagen, mehrheitlich wieder der katholische Glauben durch. Auch fiel der Klosterbesitz nicht an die umliegenden Landesfürsten und konnte bei der Fortsetzung des Klosterlebens im Jahre 1588 weiter genutzt werden. Allerdings wurde das Kloster dem Gerichtsbezirk des Amtes Gleichenstein eingegliedert, was dessen Unabhängigkeit einschränkte. Der größte Teil der heute noch erhaltenen Gebäude stammt daher aus der ersten Wiederaufbauphase von 1603 und einer zweiten Bauphase, die nach erneuten Zerstörungen während des Dreißigjährigen Krieges erforderlich wurde.“ (Wikipedia)